密码子使用频率计算

研究表明，密码子偏爱性是影响重组蛋白表达的一个重要因素。进行重组表达前，计算得到序列的密码子使用频率，了解该序列中某氨基酸所偏好的同义密码子是十分必要的。在得到密码子使用频率后，通过与表达宿主的密码子使用频率表进行对比，可得到密码子适应指数（CAI）。

同义密码子：遗传信息在由mRNA到蛋白质的传递过程中是以三联体密码子的形式传递的。每种氨基酸至少对应一个密码子，最多的有6种对应的密码子。编码同一种氨基酸的密码子称为同义密码子。

密码子的偏好性(Codon Usage bias)：在蛋白质的合成过程中，同义密码子的使用概率并不相同。某一物种或某一基因通常倾向于使用一种或几种特定的同义密码子（例如人类基因中，丙氨酸密码子多为GCA,GCC或GCT,而GCG很少使用），这种密码子使用频率存在差异的情况被称为密码子偏爱性。